Die Berechnung des NUTRI-Scores erfolgt auf 100 g des Lebensmittels. Positiv bewertete Nährwerte und Inhaltsstoffe sind z. B. Eiweiß, Ballaststoffe, Obst, Gemüse und Nüsse: sie geben Minuspunkte. Zu den negativ bewerteten Nährwerten und Inhaltsstoffe zählen Energie, gesättigte Fettsäuren, Zucker und Salz: diese geben Pluspunkte.
Je niedriger die Gesamtpunktzahl, desto besser fällt die Bewertung aus. Somit lassen sich Nahrungsmittel derselben Produktgruppe einfach miteinander vergleichen, z. B. Müslivarianten eines Herstellers oder ähnliche Müslis von unterschiedlichen Herstellern.
Aber Achtung! Ein grün hinterlegtes A – Müsli bedeutet nicht gleich, dass es gesund ist; es ist lediglich gesünder im Vergleich zum rot hinterlegten E – Müsli. Die bessere Wahl ist aber immer noch ein selbstgemachtes Müsli aus Haferflocken, Nüssen, Saaten und frischem Obst. Als unverpackte Lebensmittel werden diese jedoch nicht von der Skala erfasst.
Der NUTRI-Score ist nicht dafür gedacht unterschiedliche Produktgruppen zu vergleichen. Ob z. B. ein Müsli oder eine Pizza die bessere Wahl für ein Frühstück ist, macht keinen Sinn.
Feintuning stellt hier ein Problem dar. Einerseits ist es natürlich schön, dass Lebensmittelhersteller somit angehalten werden ihre Rezepturen positiv zu verändern, um ihr Ranking zu verbessern (weniger Zucker, weniger gesättigte Fettsäuren – mehr Ballaststoffe). Jedoch ist es egal, ob ein Lebensmittel 5 g oder 8,9 g Zucker hat, das gibt einen Punkt. Ab 9 g Zucker gibt es dann erst 2 Punkte.